Kommissionen hanterar frågor avseende bl.a. byggande i vatten, vattenreglering, fiske och skydd mot vattenföroreningar inom ett område som omfattar Torne älvs och Muonio älvs vattensystem. Den fungerar som en domstol och ska i stället för nationella myndigheter pröva tillstånds- och ersättningsfrågor och lösa rättsliga tvister samt svara för vissa administrativa