Gdańsk är beläget vid Gdańskbukten i anslutning till Wisłas västligaste mynningsarm Martwa Wisła (Döda Wisła), vilken avsnörts från huvudfloden men har kanalförbindelser med denna. Staden bildar tillsammans med Gdynia och Sopot ett sammanhängande stadsområde med drygt 800 000 invånare.