Ett oskadliggörande av samtliga mikrober (sterilisering) krävs t.ex. för kirurgiska instrument men är obehövligt och onödigt kostnadskrävande i flertalet situationer. De smittämnen som desinfektionen riktas mot utgörs av bakterier, virus och sjukdomsframkallande mikroskopiska svampar. De viktigaste desinfektionsmetoderna är värmebehandling och behandling med kemiska medel (desinfektionsmedel, t.ex. handsprit). Metoden måste anpassas