Sådan behandling används dels för att förhindra att immunsystemet angriper transplanterade vävnader eller organ (rejektion, avstötning), dels för att hämma onormalt intensiv aktivitet i systemet vid autoimmuna sjukdomar och andra tillstånd med onormal inflammation. För att öka aktiviteten hos immunsystemet används i stället immunstimulerande läkemedel.