Baeyer var Kekulés förste elev; han blev docent och lärare i Berlin 1860, professor i Strassburg 1872 och i München 1875, där han efterträdde Liebig. Han var en av de ledande forskarna under den organiska kemins stora genombrott i slutet av 1800-talet. Han strukturbestämde indigo och banade väg för dess syntetiska