Manutius satsade hängivet på att ge ut den klassiska grekiska och latinska litteraturen, och många texter trycktes först av honom. Den samlade Aristotelesupplagan 1495–98 var särskilt betydelsefull. På beställning trycktes 1499 den italienska renässansens vackrast illustrerade bok, Hypnerotomachia Poliphili.