Han utbildade sig till gruvingenjör, skapade en förmögenhet i kopparaktier och efterträdde 1874 sin far som chef för Museum of Comparative Zoology vid Harvarduniversitetet. Agassiz deltog i flera vetenskapliga expeditioner och utgav betydande arbeten över tagghudingar, sjöstjärnor och benfiskar. Han var en generös donator åt biologisk forskning och grundade bl.a.