Jodl blev 1938 chef för operationsavdelningen i överkommandot (OKW), och kom att kvarstå i befattningen under hela andra världskriget. Visserligen underställd chefen för OKW, fältmarskalk Keitel, fick han ändå stort inflytande över Hitler, som vanligen rådgjorde med Jodl inför större operativa beslut. Även om Jodl inte var lika utpräglad jasägare