Dysfagi förekommer vid många sjukdomstillstånd, till exempel vid halsfluss (tonsillit) eller vid muskelsvaghet, som vid myastenia gravis. Dysfagi kan vidare uppstå vid sjukdomar i hjärnan, exempelvis hjärnstamsinfarkt, vid amyotrofisk lateralskleros och vid skada på de nerver som styr sväljningsmusklerna, framför allt vagusnerverna.