Nebukadnessar II (604–562 f.Kr.) genomförde den sista stora ombyggnaden av Etemenanki: 90 m i fyrkant vid markytan, 90 m högt med plattformar, som blev mindre ju högre man kom, och slutligen en liten helgedom längst upp. Alexander den store lät ca 330 f.Kr. riva Etemenanki för en aldrig fullbordad ombyggnad.