Eva Bonnier har varit verksam inom Bonniers bokförlagsrörelse sedan 1975, bland annat som biträdande chef för Bonniers Juniorförlag 1986–90, chef för Bokförlaget Eva Bonnier 1990–92 samt VD 1992–97 och 1997–2007, efter sammanslagningen med Bonnier Alba, publicistisk chef för Albert Bonniers Förlag. Hon har sedan 2008 fortsatt som bokförläggare på Albert