Franche-Comté domineras av Jurabergen som i öster bildar gräns mot Schweiz. Klimatet är ganska nederbördsrikt och om vintrarna förekommer snö i bergen. Regionen är till största delen glest befolkad. Bergstrakterna har avfolkats kraftigt sedan 1800-talet. Under de senaste årtiondena har folkmängden i Doubs, Jura och Territoire de Belfort ökat medan