Ayalas omfattande prosaproduktion från 1925 och framåt behandlar bl.a. det spanska inbördeskriget och hans därpå följande exil, t.ex. novellsamlingen La cabeza del cordero (’Lammets huvud’, 1949). I romanen El fondo del vaso (’Glasets botten’, 1962) är temat en latinamerikansk diktatur. Ayala gav även ut memoarsviten Recuerdos y olvidos