Göta helikopterbataljon bildades 1998 då Försvarsmaktens helikopterflottilj organiserades av de helikopterförband som tidigare tillhört de tre försvarsgrenarna. Göta helikopterbataljons uppgifter var bland annat ubåtsjakt, ytmålsspaning samt flyg- och sjöräddning. 2004–05 avvecklades Göta helikopterbataljon och liknande bataljoner. Skvadroner, kompanier och divisioner leds numera från Försvarsmaktens helikopterflottilj i Malmen/Linköping.