Mikkelsen stödde 1517–23 som Kristian II:s rådgivare dennes strävanden att stärka kungamakten och lagstiftningsvägen gynna borgerskapet. Han följde kungen i exil 1523 och även vid dennes försök 1531 att via Norge återta sina kungakronor. Som lutheran medverkade Mikkelsen vidare vid tillkomsten av den första utgåvan på danska av Nya Testamentet 1524.