Namnet till trots (”Afghanen”) är det klarlagt att al-Afghani var av iransk och förmodligen shiitisk härkomst. Centralt i al-Afghanis gärning var kampen mot den brittiska kolonialismen. Hans engagemang förde honom på vidsträckta resor i bl.a. Afghanistan, Iran, Indien och Turkiet. Vid ett flertal tillfällen utvisades han för sin agitation.