Cousin har ofta förväxlats med fadern, Jean Cousin d.ä. Liksom denne utförde han dekorativa uppdrag, t.ex. inför Karl IX:s intåg i Sens 1563, samt kartonger till glasmålningar. Hans mest kända verk är Yttersta domen (Louvren). Cousin var även porträttmålare, tecknare och bokillustratör.