Johan, som 1604 förmåddes avträda sina rättigheter till tronen, tillträdde 1606 ett hertigdöme omfattande Östergötland med mera, där han fick stora befogenheter av Karl IX. Han var mycket aktiv för att utveckla hertigdömets och särskilt Norrköpings näringsliv. Johan hade även stora estetiska intressen, men en omfattande byggnadsverksamhet undergrävde hans ekonomi.