Under senare år har Jürgen Mittelstrass särskilt intresserat sig för samhällsvetenskapernas vetenskapsteori. Han har givit ut flera antologier och är huvudredaktör för ”Enzyklopädie Philosophie und Wissenschaftstheorie”. Till hans viktigaste tidiga arbeten hör Neuzeit und Aufklärung (1970) och Die Möglichkeit von Wissenschaft (1974).