Detta innefattar utredning och övervakning av patienter med diagnoser inom områdena autoimmunitet, immunbrist, allergi och överkänslighet, liksom vävnadstypning av donator och mottagare i samband med transplantation. Vissa av dessa analyser utförs även inom andra kliniker, t.ex. klinisk kemi, transfusionsmedicin och klinisk mikrobiologi. Specialiteten klinisk immunologi finns vid Sveriges samtliga universitetssjukhus.