Den störda hjärnfunktionen anses ha flera orsaker, bl.a. upptag från tarmen av kvävehaltiga föreningar (ammoniak, aminer), som inte på normalt sätt avgiftats i den av sjukdomen skadade levern utan transporteras förbi denna till stora blodkretsloppet och därmed även till hjärnan. Dessa substanser rubbar hjärnans ämnesomsättning och funktion.