På central nivå handläggs lotsväsendets olika frågor på skilda avdelningar inom Sjöfartsverket. De operativa frågorna – själva lotsningen – hör till Sjötrafikavdelningen. Den svenska kusten är indelad i ett antal sjötrafikområden. Mälaren och Trollhätte kanal bildar också egna sjötrafikområden, medan särskilda regler gäller för Vänern. Inom sjötrafikområdena finns en eller