Madeleine Isaksson utbildade sig till pianopedagog för Gunnar Hallhagen vid Musikhögskolan i Stockholm. Hon började 1983 studera komposition för Gunnar Bucht, senare även för Sven-David Sandström och Pär Lindgren. Hon besökte feriekurserna i Darmstadt 1986 och träffade där Brian Ferneyhough och Emmanuel Nunes för vilka hon tagit lektioner i Paris.