Under Michail Gorbatjovs tid innehade Mircea Snegur höga poster inom den moldaviska sovjetrepublikens parti- och statsorgan. Vid Sovjetunionens sammanbrott blev han ivrig anhängare av Moldaviens självständighet och försvarare av dess territoriella integritet. 1992 stödde han en militär aktion mot utbrytarrepubliken Transnistrien men misslyckades med att behålla Moldaviens kontroll över detta territorium.