Myndighetens uppgift är att utifrån patienters och medborgares perspektiv utvärdera och analysera såväl offentligt som privat finansierad hälso- och sjukvård, inklusive tandvård. Särskild fokus läggs på verksamhetens kvalitet och effektivitet. I uppdraget ingår att utvärdera effekterna av regeringens reformer och satsningar. Myndighetens verksamhet omfattar även vissa områden inom socialtjänsten.