Påverkad av mystiken och den reformerta trosriktningen utgav Spener 1675 det religiösa reformprogrammet Pia desideria (’Fromma önskningar’), se pietism. På grund av hårt motstånd från ortodoxt och radikalpietistiskt håll flyttade han 1686 från Frankfurt am Main till Dresden, där han blev överhovpredikant. Som prost i Sankt Nikolaikyrkan i Berlin