Verksamheten blev emellertid kortvarig, och Johans efterföljare på tronen valde att i stället rusta upp det sedan ett sekel sovande universitetet i Uppsala. Under 1800-talet fick dock Stockholm ett antal vetenskapliga institutioner, bland dem Karolinska Institutet, Teknologiska institutet (från 1877 Tekniska högskolan), Skogsinstitutet och Farmaceutiska institutet.