Med hjälp av elektronmikroskop kan submikroskopisk struktur (ultrastruktur) klarläggas. Exempel är endoplasmanät och ribosomer i cellernas cytoplasma. Mitokondrier kan efter vissa färgningar anas ljusmikroskopiskt, men deras inre struktur är submikroskopisk och kan endast studeras med elektronmikroskop.