Staden är ett handelscentrum och har en betydande fiskehamn samt fiskförädlingsindustri. Den angörs av Hurtigruten och har inrikesflygplats. I Vardø finns Norges första tunnel under vatten (2 892 m lång, varav 700 m under vatten). Den förbinder staden Vardø med fastlandet och öppnades 1993.