Biblioteket omfattade alla naturvetenskaper och vann snart anseende som ett av Europas rikast utrustade specialbibliotek. Före omorganisationen 1978 tillfördes det cirka 4 000 tidskrifter och andra periodiska publikationer. Bland specialsamlingar märks Bergianska biblioteket (5 340 volymer), med bland annat sällsynta svenska tryck, skänkt 1790. Handskriftsavdelningen omfattar ett betydande antal brevsamlingar av naturforskare