Brøgger var en mångsidig forskare, och hans tryckta arbeten omfattar zoologi, paleontologi, kvartärgeologi, petrografi, strukturgeologi, stratigrafi och mineralogi, liksom ett stort antal geologiska kartor. Hans uppmärksammade studie Die silurischen Etagen 2 und 3 im Kristianiagebiet und auf Eker (1882) integrerade många av geologins discipliner.