Verksamheten startade med ett tankfartyg för transport av vegetabilisk olja, vilket gav moderbolaget dess ursprungliga namn, Rederi AB Soya. Wallenius Lines är numera inriktat på att med specialbyggt tonnage frakta bilar, bl.a. transportsträckorna mellan Fjärran Östern, USA och EU-området. Fartygen har ofta namn efter kända operor.