I en strukturformel markerar man atomslagen (oftast med deras kemiska tecken) och de typer av bindningar som finns mellan atomerna. Bindningarna kan vara till exempel enkelbindningar eller dubbelbindningar. Molekylerna i en kemisk förening har oftast ett tredimensionellt utseende. Speciella symboler för bindningarna visar atomer som ligger ”framför” eller ”bakom” andra atomer.