Moskén invigdes 972 och användes, utom för sitt religiösa ändamål, för undervisning och propaganda för fatimiderna. Propagandan var riktad mot det sunnitiska abbasidkalifatet i Bagdad. Efter fatimidernas fall återställde sultan Baibars 1266/67 moskéns betydelse, men då som sunnitiskt lärosäte. I nutiden är al-Azhar ett universitet med ca 100 000 studenter.