Flanagan arbetade med okonventionella material som sand, rep, ljus och plast. Ofta bygger verkens uttryck på konfrontationerna mellan materialen. Från ett mer abstrakt formspråk övergick han till att göra skulpturer föreställande djur som förkroppsligar olika egenskaper, ungefär som i fabler. Djurskulpturerna är ofta utförda i bemålad brons och sten, och