Efter studier i Frankrike tjänstgjorde Boni Yayi vid bland annat Västafrikanska centralbanken och var 1994–2005 chef för Västafrikanska utvecklingsbanken. Han hade ingen tidigare politisk erfarenhet när han kandiderade som partiobunden i presidentvalet 2006, i vilket han segrade efter att ha fått 36 procent av rösterna i den första valomgången och