Baronius var oratorian och efterträdde 1593 Filippo Neri som oratoriets ledare. År 1596 blev han kardinal och 1597 föreståndare för Vatikanbiblioteket. Hans kyrkohistoria i tolv band, Annales ecclesiastici, var riktad mot reformatorisk historieskrivning och väckte mycken kritik från protestantiskt håll.