Ferraris tidiga arbeten röjer påverkan från Perugino och Leonardo da Vinci. Hans senare verk, fresker och illusionistiska kombinationer av måleri och skulptur, har manieristiska drag och är dramatiska och överfyllda. Efter 1539, då han huvudsakligen var verksam i Milano, arbetade han i en fri, rik stil som förebådar barocken.