Ebeling var professor i Tübingen i kyrkohistoria 1946–54 och i systematisk teologi 1954–56, därefter i Zürich (med undantag för tre år i Tübingen), först i systematisk teologi, därefter, 1968–79, i fundamentalteologi och hermeneutik. Han var lärjunge till Rudolf Bultmann men förde mycket självständigt dennes idéer vidare, både vad gäller principerna