Palestrina föddes troligen i staden Palestrina, och han fick en grundlig musikerutbildning både där och i Rom. Åren 1544–51 var han kapellmästare i hemstadens domkyrka, varefter han fick samma post i Peterskyrkan i Rom. Efter fyra år blev han i stället sångare i påvens privata kapell, men avskedades i samband