Halmahera ligger på ekvatorn och består av fyra bergiga armar. Ön är glest befolkad och relativt outforskad. Bebyggelsen ligger främst längs kusterna, där bl.a. kopra, kassava, lök, majs och muskotnöt produceras. Från öns inre tas ädelträ. Havsfisket är omfattande (bl.a. tonfisk och pärlmusslor).