Jacksonville är Floridas främsta industristad (trä- och pappersindustri, konserv- och annan livsmedelsindustri) och en av sydöstra USA:s ledande hamnstäder. Staden är också ett viktigt finans-, handels- och kommunikationscentrum. Här finns vidare stora militära anläggningar (bland annat marinflygbas), två universitet och konstmuseer. Turismen har stor ekonomisk betydelse i regionen.