Senast 1580 blev Sweelinck organist vid Oude Kerk i Amsterdam. Till hans elever hörde, förutom en rad namnkunniga organister som inledde den så kallade nordtyska orgelskolan, Andreas Düben d.ä., som sedan kom i svensk tjänst. Av Sweelincks kompositioner är orgel- och klaverstyckena (toccator, fantasior, variationer) musikhistoriskt sett viktigare än hans vokalmusik.