Karl von Siebold skrev grundläggande arbeten över de ryggradslösa djurens systematik och jämförande anatomi. Han uppställde de encelliga organismerna som en självständig enhet och upptäckte och klarlade partenogenes (jungfrufödsel) hos insekter. Han utgav Lehrbuch der vergleichenden Anatomie der wirbellosen Thiere (1848) och Wahre Partenogenesis bei Schmetterlingen und Bienen (1856).