Boff utvecklade en ”basförsamlingsteologi” (ecklesiogenes) och en befriande trostolkning. Konflikter med katolska kyrkans troskongregation, som anklagade honom för teologisk liberalism och ”horisontell ecklesiologi”, ledde 1984 till kyrkostraff. År 1994 lämnade Boff prästerskap och ordenstillhörighet.