Som kemist vid Schotts glasbruk i Jena 1897–1900 studerade Zsigmondy speciellt kolloidalt guld i rubinglas och ägnade sig 1900–07 som privat forskare helt åt kolloidkemi. Tillsammans med fysikern H.F.W. Siedentopf (1872–1940) vid Zeissverken i Jena konstruerade han 1903 ultramikroskopet och öppnade därmed nya vägar för studium av kolloidala system. För