Som politiker i preussiska lantdagen och tyska riksdagen representerade Mommsen den borgerliga vänstern i opposition mot Bismarck. Mommsen var huvudman för Corpus Inscriptionum Latinarum (1863–), preussiska vetenskapsakademins (ännu pågående) projekt att utge samtliga latinska inskrifter. Förutom att själv publicera flera volymer utbildade Mommsen en hel generation framstående epigrafiker och