Bauer växte upp i Tjeckoslovakien men på grund av faderns starka sionistiska engagemang emigrerade familjen till Palestina 1939. Den flerfaldigt prisbelönte Bauer disputerade 1960 på en studie av det brittiska mandatet i Palestina. Han har därefter i ett stort antal verk specialiserat sig på antisemitism, förintelsen och judiska motståndsrörelser.