Elsheimer var påverkad av gammaltyskt måleri, av venetianskt renässansmåleri och av sina samtida, Annibale Carracci och Caravaggio. Han målade landskap i litet format, vanligen på kopparplåt, med bibliska eller mytologiska figurer; ofta nattlandskap med poetiska ljusdunkeleffekter. Han spelade en viktig roll i utvecklandet av barockens ideallandskap.