Müller var en av de ledande företrädarna för den tyska romantikens konservativa organiska samhälls- och statsuppfattning. Han vände sig mot den liberala frihandelsidén och förespråkade en ekonomisk nationalism. Müllers viktigaste skrifter är Die Elemente der Staatskunst (1–3, 1809–10) och Versuch einer neuen Theorie des Geldes, mit besonderer Rücksicht auf